Mac編 / Mac

Macの環境構築についてです．

  1. Macのアプリケーションのインストール
    • メール
      • Thunderbird
    • ブラウザ
      • Google chrome
      • Firefox
    • オフィス
      • Microsoft office：九大の情報統括本部のサイトから取得
    • セキュリティソフト
      • ウイルスバスター（2021/2/8現在）：九大の情報統括本部のサイトから取得．
    • テキストエディタ
      • Sublime text：必要なパッケージをインストールする（日本語化についてはURLを参照）
      • CotEditorあるいはmi：encoding変換用（sublime textはshift-jisが利用できないため）
      • Hex Fiend：バイナリ情報を確認可能なエディタ
    • Remote desktop
      • Microsoft remote desktop：windowsをmacで遠隔操作可能（九大はvpn環境がないため，学内限定で利用可能）
      • その他，遠隔操作に必要なアプリケーションを各自の好みで利用
    • 画像編集ソフト：下記は有料ソフトのため，学生の場合は要検討
      • Affinity designer
      • Affinity photo
    • pdf：Mac標準のpreviewで十分だが，以下もあると便利．
      • Adobe acrobat：色々と編集が出来る．有料．
      • Adobe acrobat reader：フリー
    • GIS
      • QGIS：利用できるようになりたいと思いつつ，ArcGISをいつまでも利用中．．．
    • FTPソフト
      • Filezilla：色々FTPソフトはありますが，私はこれを利用しています．Windows，Mac，Linuxで統一出来るため．
    • 計算環境
      • 下記で記載する例えば，”~/.bashrc”や”~/.zshrc”の編集など，ターミナル上でのコマンドについては，コマンド関係も参照しながら実行すること．
      • Xcode：プログラム環境等を構築するのに必須．
        • OSアップデート後にターミナルでgccやg++を実行時に
          ・xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
          と出力されることがある．その場合は，OSアップデート時にxcodeに不具合が発生している．
          ・xcode-select –install
          として再度xcodeをインストールし直すことで解決できる．
      • C言語，Fortran：macにインストールされているClangはOpenmpが利用できない？今後はiMac等のCPUはApple silliconになるため，intelコンパイラはインストールできなくなるので，以下の方法でClangのOpenmp環境を構築する．
        # Apple silliconでもintelコンパイラ（intel oneapi）は利用可能．こちらを参考にインストールすると良い．

        • llvmのインストール
          brew install llvm
        • zshrcへのpathの設定
          #OpenMP
          alias clang-omp=‘/opt/homebrew/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -L/opt/homebrew/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/opt/homebrew/opt/llvm/lib’
          alias clang-omp++=’/opt/homebrew/opt/llvm/bin/clang++ -fopenmp -L/opt/homebrew/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/opt/homebrew/opt/llvm/lib’
        • コンパイル方法
          C++の場合：clang-omp++ -fopenmp
          Cの場合：clang-omp -fopenmp
          ※ただし，Openmpを利用しない場合は，”clang-omp”の部分は，”clang”で良く，”-fopenmp”は不要．
      • wgrib2のインストール：最近のmacの場合，標準がbashではなくzshの可能性があるため，その場合は，”bashrc”を”zshrc”に読み替えが必要．
        • wgrib2のダウンロード：wget ftp://ftp.cpc.ncep.noaa.gov/wd51we/wgrib2/wgrib2.tgz
        • wgrib2の解凍：tar -xvzf wgrib2.tgz
        • 解凍したwgrib2内へ移動：cd grib2
        • Macへのwgirb2のインストールは他の環境とは異なるため，
          ・https://theweatherguy.net/blog/weather-links-info/how-to-install-and-compile-wgrib2-on-mac-os-10-14-6-mojave/
          を参考にインストールが必要．

          • wgrib2のインストールにはgccが必要なため，
            ・brew install gcc
            でインストール必要がある．その際にインストールされるgccのバージョンも確認しておく必要がある（例えば，gcc-10など）
          • Macのshell環境が”zsh”の場合，wgrib2インストール環境設定時にmakefile内でshellが”bash”となっている場所を”zsh”に修正する必要がある．
        • “~/.bashrc”にwgrib2のpathを通す：
          ・sudo vim ~/.bashrc
          ・”~/.bashrc”内の一番最後の行に
          # — wgrib2 —
          export WGRIB2=”/usr/local/grib2″
          export PATH=”${WGRIB2}/wgrib2:${PATH}”
          #—————
        • “~/.bashrc”の更新：source ~/.bashrc
      • Anaconda：python環境構築用．Anacondaが企業での利用は有料になったようですが，2021/2/8時点では研究用途ではフリーで利用可能．有料になった場合はAnacondaを使わずに，自分でpip等で環境構築が必要になる．
        • pythonで別途インストールが必要なライブラリは”2.python”を参照．
        • Anacondaを使わずにソースコードからインストールする場合は，以下のURLを参考にすると良い（2023/6/13）
          https://qiita.com/hikaru3n/items/85edefd790f7dbf238fe
    • Mac環境構築関係のアプリケーション
      • Microsoft NTFS for Mac：NTFSでフォーマットされたHDD・SSDをMacで読み書き可能にするソフト．必須．有料ソフト．
      • 英かな：USキーボードを使う場合は，便利．なくても，”Control+Space”で”英数”・”かな”を変換可能．なお，Windows＋USキーボードの”英数”・”かな”変換は，”Option+`”で可能．
      • Go2Shell：Terminalで開いているファインダのディレクトリに移動してくれる便利ソフト．
      • WinArchiver Lite：Macで作成される”.DS_Store”ファイルを含まずに，zipファイルを作成可能．
      • Moom：Windowsのようにwindowsサイズを変換してくれるソフト．有料ソフト．
      • Clipy：コピーした履歴を残してくれる便利ソフト．
      • Cheat Sheet：ショートカットキーを教えてくれるソフト．
      • ライトクリーナー：メモリ管理してくれるソフト．有料ソフト．
      • 1password：password管理ソフト．有料ソフト．
      • AppCleaner：きれいにアプリケーションをアンインストールしてくれる便利ソフト．
      • The Unarchiver：解凍ソフト．
    • その他
      • Dropbox：説明不要のクラウド環境．
      • Chronosync Express：バックアップ用ソフト．あると便利．
      • Dozer：メニューバーを折りたたんで，表示段階を変更可能なソフト．以前はBartenderを利用していたが，有料でOSが変わるたびに購入が必要だったのでこちらに移行．
      • Slack：ビジネス用チャットアプリ．
      • ffmpeg：jpgファイルからgif等の動画ファイルを作成できるライブラリ（アプリケーション）．
      • LanScan：同じLan内で利用されているipアドレスとPC情報（Macアドレス等）を取得可能．研究室管理では便利？
  2. python
    • 環境構築
      • Anacondaをインストールする．
        • Mac版の64-Bit Graphical Installerをダウンロードすること．
        • インストール後，ちゃんとPathが通っているか確認するために，ターミナル上で，以下を実行しておくこと．
          • conda –version
          • python –version
        • ちゃんとPathが通っていれば，特に”conda –version”を実行した際に，condaのバージョンが出力される．
        • もしPathが通っていなければ，”~/.zshrc”に以下を追記し，Pathを通すこと．ただし，[user name]は自分のユーザー名に変更すること．
          • export PATH=”/Users/[user name]/opt/anaconda3/bin:$PATH”
          • Pathを通したら，ターミナルを再起動，あるいは，
            ・source ~/.zshrc
            を実行する．これでPathが反映される．
      • Anacondaをインストール後は，不要なライブラリをインストールするのを防ぐために，
        ・conda config –append channels conda-forge
        を実行する．
      • ライブラリは極力condaとpipどちらかでインストールすべき．
        ただし，たまにcondaでインストールできないライブラリが存在する（探すのに時間がかかる？）ので，その場合は，pipでインストールする．
        Anaconda環境でのcondaとpipでの違いはここが参考になる．
    • ライブラリ：下記はあると便利なライブラリ．その他，必要に応じてインストールすべし．
      # Anacondaを使わない場合は，全てpipでインストールすること．

      • natsort：natural sortをするのに利用
        ・pip install natsort
      • pygrib：gribのreadに利用
        ・pip install pygrib
      • pyproj：座標系変換等に利用（座標系・空間参照のデータベースの参照先のエラーが多い？）
        ・conda install pyproj
      • gdal : 座標系変換等に利用
        • まず以下のコマンドで”libgdal-dev”をインストールする．
          ・sudo apt install libgdal-dev
        • その後，インストールした”libgdal-dev”のバージョンを以下のコマンドで確認する．
          ・apt search libgdal-dev
          出力される結果は以下のような形となるはず．
          * libgdal-dev/bionic,now xx.xx.xx+dfsg-1~bionic0 amd64（xx.xx.xxがバージョン）
        • 上で確認したバージョンに該当するgdalを以下のコマンドでインストールする（xx.xx.xxがバージョン）
          ・pip install gdal==xx.xx.xx
      • netcdf4：netcdfのreadに利用
        ・conda install netcdf4
      • spotpy：数値モデルのパラメータ同定に利用
        ・pip install spotpy
      • cartopy：各種地図作成に利用
        pipでインストールする際に，”geos_c.h no such file or directory”と言われるので，まず”libgeos-dev”を以下のコマンドでインストールする．
        ・sudo apt -y install libgeos-dev

        その後，以下のコマンドを実行し，インストールする．詳細はここを参照．
        ・pip install git+https://github.com/SciTools/cartopy.git

      • geopandas：shapefile等を扱うのに利用
        ・pip install geopandas
      • sh：terminal上でのコマンドと同様なコマンドで実行が可能となる．
        ・conda install sh
      • staticmap：pythonでopenstreetmapを利用が可能となる．（cartopyでも可能）
        ・pip install staticmap

 

2023/6/13　更新