Linux編 / Linux

Linuxの環境構築についてです.
基本的にLinuxはデータサーバーあるいは,計算機として利用する.
多くのPCのOSはUbuntuをインストールしているので,Ubuntuベースでの環境構築をいかにメモしておく.

  1. 環境構築関係
    • 固定IPの設定:インストールされたUbuntuがDesktop版であれば,設定画面から固定IP等の設定を行う.
    • パッケージリストの更新,インストールされているパッケージの更新
      • パッケージリストの更新:sudo apt-get update
      • インストールされているパッケージの更新:sudo apt-get upgrade
    • ファイアウォールの設定
      • sudo apt-get install ufw
    • ポートの開放
      • sudo ufw allow “port num or name”
        • 例えば,1000番を開放したいときは
          sudo ufw allow 1000
          sambaを開放したいときは
          sudo ufw allow samba
      • 許可以外のポートの閉鎖:sudo ufw default deny
      • ファイアーウォールの有効化:sudo ufw enable
    • language-pack-jaのインストール:sudo apt-get install language-pack-ja
    • ja_jp.UTF-8の設定:sudo update-locale LANG=ja_jp.utf-8
    • ipafontのインストール:sudo apt-get install fonts-ipafont
    • ssh環境の構築
      • opensshのインストール:sudo apt-get install openssh-server
      • ssh環境の設定
        • 他のUbuntuを参考に,”sudo vim /etc/ssh/sshd_config”で環境設定を行う.
      • 有効化:sudo sytemctl enable ssh
      • 開始:sudo systemctl start ssh
      • sshポートの開放:sudo ufw allow ssh
    • samba環境の構築
      • sambaのインストール:sudo apt-get install samba
      • sambaで共有したいディレクトリの設定
        • 他のUbuntuを参考に”sudo vim /etc/samba/smb.conf”で環境設定を行う.ただし,共有ディレクトリは異なるので注意.
        • 開始:sudo systemctl restart smbd
      • sambaポートの開放:sudo ufw allow samba
    • sshfs環境の構築
      • sshfsのインストール:sudo apt-get install sshfs
  2. アプリケーションのインストール
    • 計算環境
      • 下記で記載する例えば,”~/.bashrc”の編集など,ターミナル上でのコマンドについては,コマンド関係も参照しながら実行すること.
      • C言語,Fortran:gcc (g++),gfortranをインストールする.
        お金に余裕があれば,intelコンパイラを購入しても良いかも.

        • gcc (g++),gfortranのインストール方法
          • gcc (g++),make:sudo apt-get install build-essential
          • gfortran:sudo apt-get install gfortran
      • wgrib2のインストール
        1. FCとCCの設定
          • “~/.bashrc”にFCとCCを以下を書き込み設定する(sudo vim ~/.bashrc)
            export FC=gfortran
            export CC=gcc
        2. wgrib2のダウンロード:wget ftp://ftp.cpc.ncep.noaa.gov/wd51we/wgrib2/wgrib2.tgz
        3. wgrib2の解凍:tar -xvzf wgrib2.tgz
        4. 解凍したwgrib2内へ移動:cd grib2
        5. makeの実行:make
        6. 解凍したwgrib2の外のディレクトリへ移動:cd ../
        7. wgrib2のフォルダを”/usr/local/”へ移動:sudo mv grib2 /usr/local
        8. “~/.bashrc”にwgrib2のpathを通す:
          ・sudo vim ~/.bashrc
          ・”~/.bashrc”内の一番最後の行に
          # — wgrib2 —
          export WGRIB2=”/usr/local/grib2″
          export PATH=”${WGRIB2}/wgrib2:${PATH}”
          #—————
        9. “~/.bashrc”の更新:source ~/.bashrc
      • Anaconda:python環境構築用.Anacondaが企業での利用は有料になったようですが,2021/2/8時点では研究用途ではフリーで利用可能.有料になった場合はAnacondaを使わずに,自分でpip等で環境構築が必要になる.
        • pythonで別途インストールが必要なライブラリは”2.python”を参照.
      • ffmpeg:sudo apt-get install ffmpeg
  3. python
    • 環境構築
      • Anacondaをインストールする.
        • Linux版の64-Bit (x86) Installerをダウンロードすること.
        • インストールは”bash”コマンドで行う.
          • 具体的には,
            ・bash ./Anaconda···.sh
        • インストール実行中に,yes|noと確認される場所やPathの確認をされる場所があるので,そこはメッセージを確認して適切に対応すること.
          • 基本の流れは,
            1. “enterキー”を押す
            2. “yes”と入力
            3. “enterキー”を押す
            4. “enterキー”を押す
            5. “yes”と入力
            6. “enterキー”を押す
        • インストール後,ちゃんとPathが通っているか確認するために,ターミナル上で,以下を実行しておくこと.
          • conda –version (“-“が2回であることに注意)
          • python –version (“-“が2回であることに注意)
        • ちゃんとPathが通っていれば,特に”conda –version”を実行した際に,condaのバージョンが出力される.
        • もしPathが通っていなければ,”~/.bashrc”あるいは”~/.bash_profile”に以下を追記し,Pathを通すこと.
          • export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH
      • Anacondaをインストール後は,不要なライブラリをインストールするのを防ぐために,
        ・conda config –append channels conda-forge
        を実行する.
      • ライブラリは極力condaとpipどちらかでインストールすべき.
        ただし,たまにcondaでインストールできないライブラリが存在する(探すのに時間がかかる?)ので,その場合は,pipでインストールする.
        Anaconda環境でのcondaとpipでの違いはここが参考になる.
    • ライブラリ:下記はあると便利なライブラリ.その他,必要に応じてインストールすべし.
      • natsort:natural sortをするのに利用
        ・pip install natsort
      • pygrib:gribのreadに利用
        ・pip install pygrib
      • pyproj:座標系変換等に利用
        ・conda install pyproj
      • netcdf4:netcdfのreadに利用
        ・conda install netcdf4
      • spotpy:数値モデルのパラメータ同定に利用
        ・pip install spotpy
      • cartopy:各種地図作成に利用
        ・conda install cartopy
      • geopandas:shapefile等を扱うのに利用
        ・pip install geopandas
      • sh:terminal上でのコマンドと同様なコマンドで実行が可能となる.
        ・conda install sh